A vacinação é a única e mais importante medida de prevenção contra a febre amarela e deve ser realizada a partir dos 9 meses de idade - crianças a partir de 6 meses de idade podem receber a vacina desde que residam em área de risco.

Mulheres grávidas em situação de surto também podem ser vacinadas, e indivíduos de 60 anos de idade ou mais devem tomar cuidados especiais quando for necessária a vacinação, sendo exigida a receita médica para aplicação da vacina.

O esquema de vacinação é simples. Após  a primeira dose, aos 9 meses, recebe-se um reforço com 4 anos de idade. Agora, se a primeira dose for aplicada aos 4 anos, espera-se 30 dias para uma vacina de reforço. Para quem tem 5 anos ou mais, se faz necessário, apenas, uma dose.